新《行政诉讼法》首次明确了行政机关负责人出庭应诉制度，较于修改之前取得了较大的进步。但该制度的具体操作过程中，存在以下操作难题：
一是对出庭应诉的主体规定过于原则，实践中对行政机关负责人的理解存有争议，被诉行政机关通常由分管副职领导出庭;二是未明确规定行政机关负责人未能出庭的正当理由情形及程序制约，易导致行政机关负责人随意推脱出庭应诉，使制度流于形式;三是未明确规定行政机关负责人应当出庭不出庭的制约措施，影响制度执行力。
基于此，我们建议采取以下措施，以实现对行政机关负责人出庭应诉制度的科学落实。
一是规定行政机关负责人为行政机关的正职或法定代表人，对重大复杂、原告人数众多等案件必须由行政机关负责人到庭，其他案件可由分管副职领导出庭;
二是规定行政机关负责人不能出庭的正当理由情形，规定应提前向法院提交存在正当理由的书面说明，并经法院审核同意可不予出庭;
三是规定行政机关负责人无正当理由拒不出庭的，法院应及时将情况通报同级人民政府或上级主管部门，并建议予以行政处分，造成不良后果的，建议监察部门追究相应责任。(山东省菏泽市中级人民法院研究室 田源) 责任编辑：guanliyuan
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